LE CAPPELLE E IL PRESBITERIO: le due navate laterali sono ambedue divise in cinque campate e appaiono anch’esse caratterizzate da volte ornate da stucchi, festoni e fregi, ancora opera della bottega dei Sala. Gli sfondi si contraddistinguono per le tenui tinte rosate e verde chiaro dall’effetto aggraziato ed elegante.
Sulle campate di ciascuna navatella si aprono poi le cappelle laterali coi corrispettivi altari. Le decorazioni a stucco sono qui di un altro artista ticinese Eugenio Camuzio e segnano il passaggio a forme stilistiche ormai tipiche dell’estrema fase tardo barocca. Al tardo Settecento appartengono poi gli affreschi che ornano le due navate laterali, eseguiti da Vincenzo Orelli. Questi dipinti si presentano assai vivaci nell’impostazione e caratterizzati dalla nitidezza del disegno, chiaro sintomo dell’avvicinamento alle nuove tendenze neoclassiche. Venti per ogni navatella, rappresentano allegorie e simboli di Virtù cristiane.
Le cappelle che, secondo i dettami della Controriforma, si affacciano sulle campate di ciascuna navata laterale appaiono particolarmente armoniche nel loro insieme e ricche di pregevoli opere artistiche.
Sugli altari, impreziositi dai complessi e stupendi intarsi geometrici e floreali realizzati con marmi preziosi che danno loro un aspetto assai variato per le forti accentuazioni cromatiche, sono posizionati importanti dipinti. Tra questi spiccano il Martirio di San Cristoforo, del grande pittore veneziano Giovanni Battista Piazzetta, completata, alla sua morte, dal discepolo Giuseppe Angeli; il Transito di San Giuseppe del veronese Giambettino Cignaroli; San Vincenzo Ferrer in contemplazione della Croce e la Discesa dello Spirito Santo di Francesco Daggiù, detto Cappella.
Degni di nota anche i paliotti scultorei, in particolare quello con il Cristo morto compianto da due angeli, opera fra le più pregevoli del Mazzetti per la contenuta drammaticità, e quelli con la Fuga in Egitto e Il riconoscimento della Santa Croce da parte di Sant’Elena della bottega dei Sanz.
A capo della navata centrale, ai lati dell’accesso al presbiterio, stanno gli altari di Santa Felicita e di San Bonifacio, dalla ridontante scenografia barocca. Sulla sovrastante cantoria spicca il monumentale organo Serassi con le sue 2242 canne.
La sistemazione del presbiterio venne attuata solo molto più tardi, nel 1793, ad opera di Giacomo Caniana. Il nuovo coro è di forma circolare (il diametro è di 12 metri), con le pareti rese mosse dalla simmetrica scansione di semicolone e lesene. I raffinati lavori in stucco sono ancora opera di maestranze ticinesi: i Costa e i Soldati. Gli affreschi sono di Vincenzo Orelli. L’altare maggiore, consacrato nel 1803, venne realizzato sempre su disegni di Giacomo Caniana, il quale per avere l’importante commissione dovette vincere la concorrenza di vari artisti, tra cui l’architetto viennese Leopold Pollack, allievo di Piermarini.
I quadri del presbiterio provengono dalla precedente struttura e sono databili tra fine Cinquecento e primo Seicento: Il miracolo di San Martino di Francesco Zucco; San Martino che resuscita un bambino morto del Cavagna; San Martino soldato di Palma il Giovane e San Martino in trono con altri santi, opera anche questa di Giovan Paolo Cavagna.