IL MUSEO – PRIMO PIANO: a lato dello scalone centrale in pietra grigia che permette l’accesso al piano nobile e sulla scala che scende all’ingresso stanno due grandi tele settecentesche: Balaam benedice Israele di Giovanni Raggi e Giaele e Sisara di Enrico Albricci. Ambedue le tele vennero commissionate per la Cappella del Rosario nel 1767 e facevano parte della sua complessa iconografia mariana. La visita al primo piano si apre con la sala I che ha come tema dominante il periodo quaresimale ed in particolare il Triduo pasquale. Sulla parete spiccano quattordici simboli e strumenti in legno intagliato e dipinto su asta, di fattura ottocentesca, che ricordano la Passione di Cristo secondo l’iconografia tradizionale. Dello stesso periodo sono i quattordici stendardi collocati sulla parete opposta, con le tradizionali stazioni della Via Crucis. Notevole anche la Croce penitenziale usata per aprire le processioni della Settimana Santa, organizzate dalle Confraternite di penitenti. Sempre legato all’attesa pasquale è il “pulpito portatile” settecentesco in legno di noce che serviva per il contraddittorio in chiesa durante i quaresimali, consentendo a due sacerdoti di dialogare nella predicazione.
Le sale II e III ospitano importanti dipinti. In particolare due opere tardo cinquecenteschi di Giovan Paolo Cavagna provenienti dalla Chiesa di san Pietro Martire: la Trinità e Disciplini bianchi in adorazione, che riecheggia il fermento di rinnovamento, improntato a severità e misticismo, tipico della Controriforma lombarda e mostra un realistico paesaggio luministicamente trattato, e l’Adorazione dei Magi, che presenta una struttura complessa e dinamica, anticipante la teatralità seicentesca.
Nella sala IV è collocato il San Cristoforo di Tintoretto, proveniente dalla veneziana chiesa di Santa Maria dell’Orto in Cannaregio.
Nell’ala a nord le sale sono state destinate ad accogliere le più antiche documentazioni della chiesa: alcuni preziosi antifonari e i progetti a disegno acquerellato per la facciata della Basilica (sala V), il ricco patrimonio di arredo liturgico (sala VI), tra cui spicca una croce d’altare, di fine Cinquecento, in argento brunito con inserti di agata e smalto, che presenta sulla base lo stemma dei Visconti, probabile opera tardo manieristica di scuola milanese vicina all’ambiente artistico ruotante intorno a Pellegrino Tibaldi, l’artista di fiducia di Carlo Borromeo, e una serie di curiosi oggetti della tradizione (sala VII).
La piccola sala VIII fa da suggestiva cornice al Martirio di San Pietro da Verona di Palma il Vecchio, l’opera pittorica più importante conservata nel museo alzanese. La tavola, collocata inizialmente nell’abside della chiesa di San Pietro Martire ad Alzano, fu trasportata agli inizi del Settecento in Basilica, dove rimase fino al trasferimento in Museo del 1996. La pala è inoltre l’unica dipinta dall’artista di cui si conserva ancora la monumentale cornice originale, tuttora conservata in San Pietro Martire ed opera di Pietro Isabello.
Il dipinto rappresenta uno dei punti più alti della produzione dell’artista ed assume un particolare significato sia per l’innovativa scelta di porre il dramma del martirio al centro della composizione, sia per l’spetto religioso del soggetto, che risulta chiara testimonianza del primo diffondersi delle problematiche riformistiche in terra bergamasca.
Le collegate sale IX e X ospitano infine una serie esemplificativa di paramenti sacri di varie epoche. Di grande pregio, per la manifattura utilizzata, è in particolare una cinquecentesca elegante pianeta di velluto verde lavorata a piccoli gigli su fondo oro.